Οι εκπαιδευόμενοι στα Σ.Δ.Ε., πολύ συχνά βιώνουν άγχος, δυσκολία σχολικής προσαρμογής, διαπραγματεύονται θέματα διαπροσωπικών σχέσεων, θέματα αυτογνωσίας/αυτοπεποίθησης. O ρόλος του συμβούλου ψυχολόγου στα ΣΔΕ είναι να βοηθά τους εκπαιδευόμενους να αντιμετωπίζουν τις δυσκολίες που προκύπτουν από την ένταξή τους στο σχολικό περιβάλλον και σε άλλους τομείς της ζωής τους (π.χ. οικογένεια, φίλοι κ.α.), να συνεργάζεται με την ομάδα των εκπαιδευτικών για την κατανόηση των ιδιαίτερων αναγκών και δυνατοτήτων του κάθε εκπαιδευομένου, να συνεργάζεται με το Διευθυντή για λειτουργικά θέματα του σχολείου, να συνεργάζεται με άλλους επαγγελματίες της ψυχικής υγείας καθώς και με την τοπική κοινωνία.

Η ψυχολογική υπηρεσία στα ΣΔΕ εξασφαλίζει ένα ασφαλές, υποστηρικτικό και δημιουργικό περιβάλλον για τους εκπαιδευόμενους λαμβάνοντας υπόψη το άτομο, την οικογένεια, το σχολικό πλαίσιο, το κοινωνικό πλαίσιο, το πολιτισμικό πλαίσιο. Ο σύμβουλος ψυχολόγος μπορεί να δουλέψει ατομικά με τους εκπαιδευόμενους, εστιάζοντας στο άτομο και σε θέματα που αφορούν το οικογενειακό του περιβάλλον. Μπορεί επίσης να συνεργαστεί με την ομάδα των εκπαιδευτικών, το Διευθυντή καθώς και την τοπική κοινωνία.
Ο σύμβουλος δεν στοχεύει στο να κάνει διάγνωση. Προσπαθεί να είναι καλός ακροατής και να συνεργαστεί με τον εκπαιδευόμενο ώστε να βρεθεί ο καλύτερος δυνατός τρόπος για την κατανόηση και τη λύση του προβλήματος. Βασικοί στόχοι της συμβουλευτικής διαδικασίας είναι η σχέση με τους άλλους ανθρώπους, η αυτογνωσία, η αυτοαποδοχή, η επίλυση προβλημάτων, η απόκτηση κοινωνικών δεξιοτήτων κ.α.
Τα πιθανά αποτελέσματα της συμβουλευτικής διαδικασίας χωρίζονται σε τρεις μεγάλες κατηγορίες. Την επίλυση του αρχικού προβλήματος, τη μάθηση καθώς και την κοινωνική ενσωμάτωση. Μέσω της συμβουλευτικής διαδικασίας το άτομο ενδέχεται να κατανοεί το πρόβλημα και να ενεργεί έτσι ώστε να εξουδετερώσει τα αίτια που το προκάλεσαν. Παράλληλα, δίνεται η δυνατότητα να αποκτήσει νέες γνώσεις και δεξιότητες που θα το διευκολύνουν να χειριστεί παρόμοιες δυσκολίες στο μέλλον.

Τα επίπεδα δράσης του συμβούλου ψυχολόγου είναι τα εξής :
1. Βοηθά τους εκπαιδευόμενους να αντιμετωπίζουν τις δυσκολίες που προκύπτουν από την ένταξή τους στο σχολικό περιβάλλον και σε άλλους τομείς της ζωής τους.
2. Συνεργάζεται με την ομάδα των εκπαιδευτικών για την κατανόηση των ιδιαίτερων αναγκών και δυνατοτήτων του κάθε εκπαιδευομένου.
3. Συνεργάζεται με το διευθυντή για λειτουργικά θέματα του σχολείου.
4. Συνεργάζεται με άλλους επαγγελματίες ψυχικής υγείας.
5. Συνεργάζεται με την τοπική κοινωνία (ΙΔΕΚΕ, 2010).